Emre Fatih Bülbül
Emre Fatih Bülbül
M.Sc. Emre Fatih Bülbül
e-mail: emre.bulbul(at)pharmazie.uni-halle.de
Struktur-basiertes Design von Inhibitoren für Zink-abhängige Enzyme
Humanpathogene Parasiten zeigen aufgrund ihrer vielfachen Differenzierung in andere Lebensformen Ähnlichkeiten zu Tumorzellen, unter anderem eine starke Exprimierung einzelner epigenetischer Regulationsproteine. Von Tumorzellen sind Zink-abhängige Histondesacetylasen (HDAC) als wichtige epigenetische Regulatoren bekannt, die bereits zur Entwicklung von Tumortherapeutika geführt haben. Durch Knockout Studien einzelner parasitärer HDACs konnte gezeigt werden, dass verschiedene Isoformen essentiell für verschiedene Parasiten sind. Wir fokussieren uns in diesem Projekt auf die Isoform tcDAC2 aus Trypanosoma cruzi. Ziel des Projektes ist das strukturbasiertes Design um Vorschläge für die Synthese neuer Wirkstoffe, die an epigenetisch relevante Enzyme dieser Parasiten angreifen, vorzuschlagen. Zusammen mit Strukturbiologen (IGBMC, Strasbourg, Frankreich), in vitro Assayentwicklern (Univ. Freiburg) und Parasitologen (Institute Pasteur Lille, Frankreich) wird in diesem internationalen Forschungsprojekt gearbeitet.
Geplant ist die Synthese von verschiedenen Subtanzbibliotheken unter Verwendung von computerbasierten Methoden zur Leitstrukturoptimierung. Die Testung erfolgt neben den isolierten Enzymen auch in phänotypischen Screenings um die Toxiztität für Parasiten zu bestimmen.Die etablierten Modelle und entwickelten Methoden zur Vorhersage der Bindungsaffinität neuer Liganden wird auch an anderen Zink-abhängigen Enzymen, wie z.B. dem bakteriellen Target LpxC (Kooperation Prof. R. Holl, Universität Hamburg), getestet.
Publikationen:
2022
Ibrahim H., Abdelsalam M., Zeyn Y., Zessin M., Bülbül EF, Mustafa, AM., Fischer P., Zeyen A., Vecchio P., Sun P., Erdmann F., Schmidt M., Robaa D., Romier C., Schutkowski M., Krämer OH., Sippl W., Synthesis and structure-activity relationship studies of pyrazine linked 2-aminobenzamides as new class I selective histone deacetyöase (HDAC) inhibitors and their biological characterization in leukemic cells, Bioorg Chem, 2022, 23, 369.
2021
A. Dreger, K. Hoff, O. Agogliatta, E. F. Bülbül, J. Melesina, W. SIppl, R. Holl, Synthesis, biological evaluation and molecular docking studies of deoxygenated C- glycosides as LpxC inhibitors, Bioorg. Chem. 2021, https://doi.org/10.1016/j.bioorg.2021.105403 .
L. Yurttas, H. E. Temel, M. O. Aksoy, E. F. Bülbül, G. A. Ciftci; New chromanone derivatives containing thiazoles: Synthesis and antitumor activity evaluation on A549 lung cancer cell line, 2021 Sep 17, https://doi.org/10.1002/ddr.21879
J. Melesina, C. V. Simoben, L. Praetorius, E. F. Bülbül, D. Robaa, W. Sippl. Strategies to Design Selective HDAC Inhibitors. ChemMedChem. 2021 Jan 11. doi:10.1002/cmdc.202000934 .
2020
Z. Sahin, S.Biltekin, E. F. Bülbül , L. Yurttas, B. Berk, S. Demirayak, Design and synthesis of new donepezil analogs derived from arylpiperazine scaffold as acetylcholinesterase inhibitors, Phosphorus, Sulfur, and Silicon and the Related Elements, 2020 Sep 27. doi: 10.1080/10426507.2020.1830773
K. Hoff, S. Mielniczuk, O. Agoglitta, M. T. Iorio, M. Caldara, E. F. Bülbül, J. Melesina, W. Sippl, R. Holl. Synthesis and biological evaluation of triazolyl-substituted benzyloxyacetohydroxamic acids as LpxC inhibitors. Bioorg Med Chem. 2020 Apr 25:115529. doi:10.1016/j.bmc.2020.115529 .
2019
Dreger, O. K. O. Agoglitta, E. F. Bülbül, J. Melesina, W. Sippl,and R. Holl. Chiral pool synthesis, biological evaluation and molecular docking studies of C-furanosidic LpxC inhibitors. ChemMedChem. 14, 871-886, 2019. doi:10.1002/cmdc.201900068 .
S. Demirayak, Z. Sahin, M. Ertas, E. F. Bülbül, C. Bender, S. N. Biltekin, B. Berk, B. N. Saglik, S. Levent, L. Yurttas, Novel Thiazole-piperazine derivatives as potential cholinesterase inhibitors, Journal of Heterocyclic Chemistry, 2019, 56, 12, 3370-3386. https://doi.org/10.1002/jhet.3734
M. Ertas, Z. Sahin, E. F. Bülbül. C. Bender, S. N. Biltekin, B. Berk, L. Yurttas, A. M. Nalbur, H. Celik, S. Demirayak, Arch. Pharm, 2019, 352, (11), e1900033 doi: 10.1002/ardp.201900033
2018
Z. Sahin, M. Ertas, C. Bender, E. F. Bülbül, B. Berk, S. N. Biltekin, L. Yurttas, S. Demirayak, Thiazole-substituted benzoylpiperazine derivatives as acetylcholinesterase inhibitors, Drug Dev Res, 2018, 79 (8), 406-425, doi: 10.1002/ddr.21481.
2017
L. Yurttas, E. F. Bülbül, S. Tekinkoca, S. Demirayak, Antimicrobial Activity Evaluation of New 1,3,4-oxadiazole Derivatives, Acta Pharmaceutica Sciencia, 2017, 55, 2, doi: 10.23893/1307-2080.APS.05511
Berk, Y. A. Tahirovic, E. F. Bülbül, S. N. Biltekin, The synthesis, antimicrobial activity studies, and molecular property predictions of novel benzothiazole-2-thione derivatives, Acta Pharm. Sci, 2017, 55 (3), doi: 10.23893/1307-2080.APS.05516
Posters :
Bülbül EF, Melesina J., Jung M., Christophe R., Sippl W. Testing of in silico
methods for the discovery of antiparasitic HDAC inhibitors, September 15-20,
2019, Vienna Summer School on Drug Design, Austria
Oral Presentation:
Bülbül EF, Structure Guided Analysis and Design of Novel Inhibitors
Targetinh Histone Deacetylases from Trypanosoma cruzi, September 20,
2019, EUROPIN talks in Vienna Summer School on Drug Design, Austria